Наряду с серой рифовой акулой и белоперой рифовой акулой, черноперая рифовая акула является одной из трех наиболее распространенных акул, населяющих коралловые рифы в Индо-Тихоокеанском регионе. Этот вид преобладает в мелководных местообитаниях, в то время как два других в основном встречаются на большей глубине. Быстро плавающая и активная, черноперая рифовая акула может встречаться в одиночку или небольшими группами; также наблюдались большие «социальные» скопления.
